“三证合一”是指将企业原本需要分别办理的营业执照、组织机构代码证和税务登记证合并为一个证，简化企业设立和注销流程。如果持有“三证合一”的公司需要注销，通常需要经过以下主要步骤：

1. 股东会决议：

召开股东会，形成同意公司注销的决议。决议内容应包括指定清算组成员的相关事项。

2. 成立清算组：

清算组负责处理公司的资产、债务并进行清算，随后发布清算公告。

3. 清算公告：

在全国企业信用信息公示系统（或当地工商部门的官方网站）发布公司清算公告，公告期为45天。

4. 税务清算：

前往税务部门办理税务注销手续，提交相关材料如税务登记证、财务报表、完税证明等。有时需要先进行税务户内清算，完成所有的税务手续后方可取得税务部门的清税证明。

5. 工商注销申请：

向公司注册所在地的工商部门提交注销申请材料，包括公司注销申请书、股东会决议、清算报告、营业执照正副本、税务清算证明等。

6. 银行账户注销：

前往公司开户银行办理银行账户的注销手续。需提供银行开户许可证、法人代表身份证原件及复印件、公司注销证明等材料。

7. 社保和公积金账户注销：

按照规定，前往社保部门和住房公积金管理中心办理相关账户的注销手续。

8. 公告清算报告：

清算结束后，清算组要编制清算报告，并在公司公告清算报告，随后提交给工商部门进行审核。

9. 工商局审核、公告：

工商局将会审核提交的注销资料，并在核准注销后在官方平台上进行公告。

10. 公司注销成功：

工商局审核通过并公告期满后，公司即完成注销，法人主体资格将正式终止。

具体步骤和所需材料因地区不同可能略有差异，建议在操作前仔细查阅当地工商局和税务局的具体要求，或咨询专业代理机构以确保流程顺利进行。